Das Dorf liegt am Ufer des Rheins, schräg gegenüber der deutschen Stadt Bad Säckingen. Der von zwei Brücken überspannte Fluss ändert auf einer Strecke von nur zwei Kilometern zweimal seine Fliessrichtung, zuerst von Westen nach Süden, dann wieder nach Westen. Das alte Dorfzentrum liegt an der zweiten Flussbiegung. Die neueren Dorfteile erstrecken sich in Richtung Osten und Norden in die flache Ebene des Sisslerfelds. Südlich des Dorfkerns, jenseits von Eisenbahnlinie und Autobahn, ragt der Eickerberg in die Höhe. Dieser Hügel des Tafeljuras besitzt sehr steile Flanken, geht dann jedoch in eine flache und ausgedehnte Hochebene über.

Das heutige Zentrum findet sich entlang der Schaffhauserstrasse; viele kleinere Geschäfte gibt es aber auch an der Zürcherstrasse. Heute zählt Stein über 3'000 Einwohner und verfügt über eine sehr gute Infrastruktur. Dank seiner verkehrsgünstigen Lage und der Verbindung nach Deutschland sowie den Einrichtungen für Schule, Sport und Freizeit übernimmt Stein eine Zentrumsfunktion im mittleren Fricktal.

Die Fläche des Gemeindegebiets beträgt 281 Hektaren. Der höchste Punkt liegt auf 490 Metern auf der Hochebene des Eickerbergs, der tiefste auf 285 Metern am Rhein.

Nachbargemeinden in der Schweiz sind Mumpf im Westen, Obermumpf im Süden, Münchwilen im Südosten und Sisseln im Nordosten. Im Norden grenzt Stein an die deutsche Stadt Bad Säckingen.